Das Lagunensystem von FJV erstreckt sich von der Isonzo- bis zur Tagliamentomündung. Im Vergleich zu seiner „großen Schwester“, der Lagune von Venedig, ist es weniger stark vom Menschen verändert worden und durch lange, naturbelassene Nehrungsabschnitte und durch von großen Schilfgürteln umgebenen Flussmündungen in der Lagune geprägt. In der Lagune von Grado gibt es umfangreiche für die Fischzucht genutzte, abgegrenzte Lagunenbereiche; die Lagune von Marano ist hingegen offener, weniger salzhaltig und tiefer, mit großen Flächen, die bei Ebbe nie oder nur sehr selten trockengelegt werden. Diese Übergangslebensräume sind normalerweise dynamisch und weisen zwei grundlegende Trends auf: Bei einem überwiegt die Ablagerung und Versandung, beim anderen die Erosion und die Verwandlung in ein seichtes Meer. Vor allem im vergangenen Jahrhundert haben die Menschen viel unternommen, um diese unbeständige Landschaft zu befestigen und in Richtung Land durch Deiche abzugrenzen, die Hafenöffnungen mit Wellenbrechern zu befestigen, Nehrungsabschnitte einzudeichen, die Zahl der Hafenöffnungen zu reduzieren und gezeitenfreie Lagunenbereiche für die Fischzucht anzulegen. Heute ist die Lagune kleiner und tiefer als früher, und die natürlichen oder unmittelbar oder mittelbar durch menschliche Tätigkeiten ausgelösten Entwicklungen führen mit der Erosion der Küsten und Salzwiesen zum schrittweisen Verschwinden trockengelegter Flächen. Natürlich unterliegen nicht alle Gebiete diesen Entwicklungen, und an großen Küstenabschnitten überwiegt die Versandung. Ähnliche Trends gab es auch in Venedig, zum Teil wurden sie durch den Bau künstlicher Salzwiesen bekämpft. Die Lagune von Marano, die weniger stark verändert wurde als die von Grado, unterliegt heute starken und schnellen Entwicklungen, die für die von der Kraft des Meeres angegriffenen Mündungsgebiete besorgniserregend sind. Aus vogelkundlicher Sicht handelt es sich um einen der bedeutendsten Lebensräume in Italien und im Mittelmeerraum. Wenn das gesamte System der Flussmündungen und Lagunen an der Oberadria mitgezählt wird, dessen nordöstlichster Teil diese Lagunenlandschaft ist, dann ist dies das größte Feuchtgebiet Italiens. Über 300 Vogelarten wurden gesichtet, davon brüten rund 110 Arten, jedoch nicht alle regelmäßig. Dieser Reichtum würde noch verstärkt werden, wenn auch die hinter den Lagunen liegenden Flachlandwälder und die Grundwasserquellen einbezogen würden, aus denen die Flüsse entspringen, die später in der Lagune münden.