Sistem lagun v FJK se razteza med ustjem Soče in izlivom Tilmenta (Tagliamento). Če območje primerjamo z “večjo sestro”, Beneško laguno, je tukajšnjo manj spremenilo človekovo delovanje, tu so dolgi odseki obrežnega pasu v naravnem stanju, izlive rek v laguno obdaja obširno trstičje. Ribogojna območja so precej pogosta v Gradeški laguni, medtem ko je Maranska laguna bolj odprta, manj slana in globlja, z obsežnimi območji, ki so ob oseki redko ali pa sploh nikoli kopna. Ta prehodna območja so značilno dinamična, tu sta prisotni dve temeljni težnji: pri eni prevladujeta usedanje in zasipanje z zemljo, pri drugi pa razjedanje površine in spreminjanje v plitvo morje. Človek je predvsem v zadnjih stotih letih poskušal to spreminjajoče se okolje popraviti in ga je proti celini omejeval z nasipi, gradil je vstope v pristanišča z varovalnimi pomoli, s čimer je omejil odseke obrežnega pasu in zmanjšal število vhodov v pristanišče; nastala so ribogojna območja, v katerih ni bibavice. Danes je laguna manjša in globlja kot nekdaj in naravne težnje ali tiste, ki jih posredno ali neposredno povzroča človekovo delovanje, vodijo v postopno izginevanje kopnih območij zaradi erozije obale in ilovnatih otokov. Seveda ne gre povsod za enake težnje in na velikih obalnih območjih prevladuje zasipanje z zemljo. Do podobnih teženj je prišlo tudi v Benetkah in deloma so se jim zoperstavili z gradnjo umetnih ilovnatih otokov. V Maranski laguni, ki se je manj spremenila od Gradeške, zdaj prihaja do močnih razvojnih teženj, zaradi katerih se pojavljajo strahovi glede območij ob ustjih, na katera deluje sila morja. Z ornitološkega stališča gre za enega najpomembnejših okolij na italijanski in sredozemski ravni. Če upoštevamo celotni sistem ustij in lagun v Severnem Jadranu, katerega severovzhodni del predstavlja to območje, gre za največje mokrišče v Italiji. Na njem so opazili prek 300 vrst ptic, od katerih jih tu gnezdi približno 110, vendar ne vse redno. To izredno bogastvo je še toliko večje, če upoštevamo ravninske gozdove za njim in arteške izvire ravninskih rek, ki se pozneje izlivajo v laguno.