Eden največjih in najbolj vitalnih podvodnih travnikov v zalivu leži pred izlivom Soče. Gre za rastline s trakastimi listi, steblom in koreninami (rizomi) ter čisto pravimi cvetovi. Imajo bistveno vlogo pri vnašanju kisika v vodo, služijo kot zatočišče za ribje mladice in zagotavljajo podlago, na katero se oprimejo drugi živalski in rastlinski organizmi (bentos). Ponavadi v najbolj plitki vodi uspeva mala morska trava, ki lahko preživi tudi nad vodo. V globljih predelih se pojavi prava morska trava, ki v laguni pokriva značilna obročasta območja, imenovana "molere". Proti morju pa morsko travo zamenjajo travniki kolenčaste cimodoceje (Cymodocea nodosa)