In antichità di fronte alle foci del Timavo vi era un ampio specchio di mare navigabile, il Lacus Timavi corrispondenre circa alla zona del Lisert. Il termine Lisert deriva dal latino desertum, con il quale i Romani usavano indicare le terre prossime ai confini, limes; nel medioevo il nome fu vulgarizzato in Lisertum, successivamente in Desert, quindi Lisert. Il lacus era un ampio bacino lagunare protetto da due isolotti calcarei detti Insulae clarae, denominate poi isole della Punta o Amarina e S. Antonio. Era quindi un porto naturale con approdo a San Giovanni di Duino, che i Romani dotarono di impianti termali e connessi ricreativi e che in seguito venne usato moltissimo anche dai monfalconesi e poi dai veneziani.